为何称为鸡鸣寺？
刘宏于宋大明二年（458年）临终前，嘱咐将鸡笼山下东偏北处的府第捐为寺庙，沿用名“栖元寺”，元、玄同义。南齐时改名建元寺。孙吴时期开拓了南北向的潮沟（在今南京市机关大院西墙附近），南接城北渠、运渎，经栖玄寺门前，北通玄武湖，后来，明代筑城时阻断了该潮沟，但此沟的南端直至上世纪80年代初尚存，沟旁尚有几棵老槐树。从这些资料看，三国孙吴时的栖玄寺该是鸡鸣寺的前身。
还有人认为，三国时，栖玄寺曾是孙吴府第的后苑，晋代时，该地是廷尉署。如果栖玄寺确实是鸡鸣寺的前身，那么，鸡鸣寺的历史就可向前延伸300年，但是，对这一说法存在着争议。
同泰寺寺内有大殿六所，小殿堂十余所，一座九层浮屠（宝塔），一座七层高的大佛阁，供奉着十方金像和十方银像，整个寺院依皇家规制而建，规模宏大，金碧辉煌，无愧于“南朝四百八十寺”之首的美誉。梁武帝是中国古代最笃信佛教的帝王之一，他曾四次舍身于同泰寺，并常到寺内讲经说法。
近代史上的鸡鸣寺
1895（光绪二十一年），两江总督张之洞与杨锐游览鸡鸣寺，纵论诸子百家，指点时蔽。
1902（光绪二十八年），张之洞在观音楼之右，为纪念戊戌六君子之一的杨锐，倡议将后经堂改建为“豁蒙楼”。
1903（光绪二十九年），江宁布政使黄建莞奉张之洞命在鸡鸣寺造豁蒙楼，并捐资。光绪三十年（1904）建成，张之洞亲书匾额。该楼原有张之洞的画像，悬挂梁启超书联“江山重复争供眼，风雨纵横乱入楼”。后来，又有黄建莞的撰联：“遥对清凉山，近联北极阁，更看台城遗址，塔影横江，妙景入樽前，一幅画图传胜迹；昔题凭墅处，今日豁蒙楼，却喜玄武名湖，荷花满沼，更风来座右，数声钟磬答莲歌。”
1929年，陈伯韬、王伯沆、胡翔冬、黄季刚、汪辟疆、胡小石、王晓湘7名教授在豁蒙楼“秃笔联句”。
1934年2月14日，因1933年10月30日西藏第十三世达赖土登嘉措（1876－1933）在拉萨圆寂。国民政府眷念其保障西陲之功，追赠为“护国弘化普慈圆觉大师”封号，一切褒崇典礼极为隆重。蒙藏委员会及国民政府内政部奉命函请南京各有关部门上千人举行追悼大会，在考试院宁远楼诵藏经祈祷，在鸡鸣寺诵汉经追悼。同年重九，一些著名文人登豁蒙楼赋诗，出版《甲戌玄武湖修禊豁蒙楼登高诗钞合集》一书。
1936年5月，山之西北部为政府征用做防空司令部，设置电台，筑北极阁地下指挥所。
1937年12月，南京保卫战，被守卫部队征用作全城通信中心。同年，鸡鸣寺僧人收留抗日军官纽先民。日本侵略军攻陷南京时，鸡鸣寺、北极阁成了日军杀害中国军民的屠场，鸡鸣寺空无一人。
1938年3月，僧人回寺，恢复宗教活动，住持二空。是年8月，鸡鸣寺僧人原住持守慧掩护纽先民安全离开南京，经上海奔赴抗日前线。
1940年农历一月，汪伪政府主管宗教的褚民谊看到鸡鸣寺的楼宇败坏，将要倒塌，雇工修葺，粉刷油漆，镀金出新，恢复旧观。鸡鸣寺原住持僧守慧法师为此立石碑记载，以告后人。
1944年，依山麓建半山永胜茶篷，7月立《鸡鸣寺半山永胜茶篷记》碑。日本投降前后，住持二悟。
1946年9月8日，已成为陆军总部的将军钮先铭随何应钦飞抵南京，接受日军投降，他下飞机后首先来到鸡鸣寺，重温故旧，并要求鸡鸣寺为他作法事酬神，以偿宿愿。
1949年，仅有寺僧1人。寺有韦驮殿、大殿、观音殿、景阳楼、豁蒙楼、僧寮、志公殿等房屋32间，另有胭脂井、甘露井等古迹。全寺占地100亩。
1949年4月23日，中国人民解放军占领南京，鸡鸣寺仅有房屋32间，田产137亩（其中，太平门外有熟地92.6亩，次田19.5亩，水田24.9亩），僧1人（即住持乘修，时年23岁），帮工4人。山之西北部房屋义务贡献给政府做防空司令部及电台用；东南部、山顶及部份寺房为政府公务员办公、居住和学员宿舍使用；仅大雄宝殿、茶楼（景阳楼）和僧寮1间归僧人管理。当年重九，有汪辟疆、沈剑如、李蔬畦、陈颂洛、陈器伯、章行严等文人登鸡鸣寺豁蒙楼赋诗。
1950年，人民政府拨款维修鸡鸣寺。僧人们参加时事政策学习，积极参加抗美援朝运动。
1952年，印度代表潘迪特夫人来宁参观鸡鸣寺，反映鸡鸣寺神、佛像混杂，不像个道场。
1953年10月，赵朴初来宁，由金陵刻经处的吕徵先生陪同参观鸡鸣寺，赵朴初向南京市佛教学习委员会反映印度代表潘迪特夫人对鸡鸣寺的意见。
1954年元月，南京市人民政府宗教事务处重视赵朴初和吕徵先生关于整治鸡鸣寺佛、神像混杂的意见，立即组织整顿、清理。土地改革中，寺庙田产和房产归国家所有，但32间房屋全归僧人管理使用。
1958年10月，寺院调整时，改为尼众道场，住持宗诚，常住尼众25人。韦驮殿前的照壁上挂有“古同泰寺”牌，竖写。
1960年后，“古同泰寺”牌出现在江宁湖熟镇赤山，山上为大茅棚，山下为小茅棚，另一寺挂“古同泰寺”牌。
1966年“文化大革命”开始，鸡鸣寺受冲击，尼众遣散，房屋由南京无线电元件11厂使用，室内安装电灯和自来水。“文革”中，湖塾赤山“古同泰寺”牌毁。
1970年，空军在鸡鸣寺旁建营房，用作空军家属居住。
1973年7月25日，因工人下班前未将电烙铁电源插头拔掉，酿成重大火灾，除大殿和施食台外，其余殿宇全部烧毁。
1978年上半年，南京市人民政府为落实宗教信仰自由政策，指令无线电元件11厂迁出。同年9月底全部搬迁完毕。
1979年，政府为了保护名胜古迹，落实宗教政策，决定重建鸡鸣寺。江苏省和南京市人民政府拨款修葺，修建老山门，步行台阶30级，山门朝东，门楼上竖写“古鸡鸣寺”4字，黄墙上写“南无阿弥陀佛”6个字。原有比丘尼11人回寺，恢复宗教活动，住持宗诚。
1980年后，国务院和江苏省人民政府及南京市人民政府先后拨款人民币50万元供鸡鸣寺修葺，市长王昭全亲自过问这笔拨款。
1981年12月4日，平整土地，修理道路，开始庙宇修复工作。
1982年，国务院、江苏省和南京市人民政府先后拨款40万元人民币用于鸡鸣寺维修大殿、志公殿等。
1984年，由东南大学建筑系杜顺宝教授设计，潘谷西教授任设计顾问，重建大雄宝殿、韦驮殿、观音楼、豁蒙楼和景阳楼。同年6月，泰国赠送给鸡鸣寺高3.3米、重5吨的释伽牟尼佛铜像和观世音菩萨铜像各一尊，在观音殿内，增塑了32尊观音应身像和观音海岛。
1989年4月，台湾星云法师一行150人方问鸡鸣寺。第四批弟子剃度。农历五月二十六日成立鸡鸣寺筹建理事会，年底由潮州开元寺释定持方丈主持，举行奠基典礼。
1990年3月，新建的七层八面药师佛塔竣工，塔名为消灾延寿药师佛塔，为鸡鸣寺历史上的第五座大佛塔，塔高约44米，赵朴初题“药师佛塔”四字。7月28日，新建念佛堂、寮房、厨房、斋堂。
1991年后，江苏省财政厅每年拨给鸡鸣寺10万元助其修葺。
1994年4月3日，中国佛教协会会长赵朴初视察鸡鸣寺。4月9日，建毗卢宝殿，茗山法师书写对联：“毗卢尊师久住无量劫圆通三际；清净法身化生百千亿普度十方。”
1996年，宗诚法师圆寂。莲华法师到韩国参加中、日、韩学术研讨会。
1998年10月，莲华、心法访问台湾。
1999年，施食台辟为藏经楼，供信众阅览。2月，台湾金门护国寺赠清《龙藏》一部。
2000年9月，莲华赴上海参加佛教与社会主义相适应学术研讨会。同年，鸡鸣寺出资人民币200万元，迁走空军10户家属住房。
2001年3月，莲华升座任鸡鸣寺住持。5月，莲华法师一行访问美国。
2004年10月，开办儿童读经班。11月12日至18日，首次举行水陆法会。11月17日，首次放五大士焰口。11月20日至12月21日，首次举行二部僧传戒法会，有新戒弟子271名，分别来自全国13个省市。
2006年6月9日，纪念宗诚法师老尼圆寂10周年。同时，“鸡鸣寺书画院”成立，台湾慧瑾法师来访，新建胭脂井竣工。
鸡鸣寺书画院正展出：“莲池清吟，一画一偈”——文备居士诗书画作品展
展览名称：莲池清吟，一画一偈
展览时间：2017.09.30-2017.10.09
参展艺术家：文备
展览地点：南京古鸡鸣寺美术馆
（南京市玄武区鸡鸣寺路1号）
“妙日莲花宫”主人之心荷
文备居士：历任东南大学现代书画研究所所长，中国现代艺术学会副会长兼秘书长。其艺术作品兼有传统风格与现代风格。传统风格分“行草抒情系列”“汉魏禅静系列”等，现代风格开创“抒情注意”现代书法，现代水墨艺术流派。法名湛文，法号觉性、成智、妙日、斋名佛光阁，妙日莲花宫。
公交：
3路、15路、31路、48路、70路、201路可达；
3路、15路、20路、31路、52路到北极会堂下；
11路、24路到鸡鸣寺下；
304路到鸡鸣寺站下；
途经公交有44路、140路、201路、Y2路。
地铁：
南京地铁3号线 鸡鸣寺站
南京地铁4号线 鸡鸣寺站
