这一天，孙中山会见了被派往上海欢迎孙中山的“各省都督府代表联合会”的代表王有兰、马伯援等三代表。代表们带来了各省会议代表会议拟选他为临时政府大元帅的建议意见，孙中山表示，“要选举，就选举大总统，不必选举大元帅，因为大元帅的名称，在外国并非国家元首”。代表答：“在代表会所议决的临时政府组织大纲，本规定选举临时大总统，但袁世凯的代表唐绍仪到汉口试探议和时，曾表示如南方能举袁为大总统，则袁亦可赞成共和，因此代表会又决议此职暂时留以有待。”孙表态，“那不要紧，只要袁能拥护共和，我就让给他。不过，总统就是总统，临时字样，可以不要”。[10]其实，强调选举孙为“大元帅”和“临时”大总统，都是一个用意，即保留大总统位置给袁世凯，而将拟任的孙大总统使命就是建立民国临时政府，维护大局，促袁反正，逼清帝退位。显然这出乎孙中山的意料之外，“促袁反正，逼清帝退位”，并非是孙中山赴沪之前的“我恃人心”而以“革命统一”之策。
意料之外的问题，还来自于革命党内部。也在12月26日这一天，孙中山在寓所召开同盟会最高干部会议，讨论总统制与内阁制及总统人选，当时因孙主总统制而宋教仁主内阁制分歧，会议也未有定议。晚间，党人再集孙寓所，讨论组织政府方案，孙中山再主总统制，宋教仁则还是力主内阁制。会议无法统一，只能决定黄兴先期赴宁，向各省代表会议会商。
12月27日，黄兴赶至南京，对当天各省代表会议，提出三条建议：“（一）改正朔用阳历。（二）起义时以黄帝纪元，今应改为中华民国纪元，（三）组织政府采用总统制”，会议对“（一）（二）两条合并讨论，全体赞成通过，惟民间习惯，不禁于阳历下注明阴历节候”，而对于“总统制”，当天也已赶到南京的宋教仁作为湖南代表，“仍坚持己见，反对甚力，主内阁制，历指总统制之弊。时论颇久。”最后，黄兴“询众议，多数赞同总统制，照案通过”。[11]
当天会议通过了按照政府组织大纲即日选举临时大总统的决议。会议中有代表对于“保留总统位置予袁一节”，认为不必要，除去“临时”字样，会议多数代表表示，“因各省有未独立者，正式宪法，尚未制定，正式总统亦无从产生，认为仍须冠以临时字样”[12]，维持原议。
12月29日，临时大总统选举于南京举行。共推举出孙中山、黎元洪、黄兴三位候选人。苏、浙、鄂、湘等十七省代表于上午九时正式投票选举，每省一票，孙中山以十六票当选为临时大总统。遂又决议，各省代表会议特派代表汤尔和、王宠惠、陈陶遗三人去上海欢迎孙中山到南京就职。
出于革命者的自信，孙中山当初选择了赴沪主持大局；面对已然的南北格局，作为“临时大总统”的孙中山又将如何作为？无疑，这将影响全国的革命共和进程和局势的进一步发展变化，当然同样也将影响江苏政局的变化和发展。
如何作为？其实，孙中山受任之际已有主张。
12月30日，已经当选临时大总统的孙中山首先在上海召集召开中国同盟会本部临时会议，会议通过了《中国同盟会意见书》，强调革命党人的责任，绝不限于推翻清朝政府，即“不卒至于民族主义，而卒之于民权主义、民生主义”，“必完全贯彻此三大主义而遗”。
1912年1月1日上午十一时，孙中山携胡汉民等自上海乘专列赴南京就职。下午五时，孙中山一行到达南京下关车站，遂转乘城内小火车再换乘马车至原两江总督府即新的中华民国临时大总统府。当晚十时，大总统行受职礼，各省代表暨海陆军代表齐集总统府，各省代表景耀月报告选举情况后，孙中山宣读誓词就任临时大总统，誓词说：“颠覆满洲专制政府，巩固中华民国，图谋民生幸福，此国民之公意，文实遵之，以忠于国，为众服务。至专制政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，斯时文当解临时大总统之职，谨以此誓于国民。”接着各省代表景耀月致颂词并送上大总统印绶，大总统盖印并以此印绶发布《临时大总统就职宣言》，强调临时政府是“革命时代之政府”，它将努力“尽扫专制之流毒，确定共和，以达革命之宗旨，完国民之志愿”，对内求“民族之统一”、“领土之统一”、“军政之统一”、“内治之统一”、“财政之统一”，对外持“文明国”的基本立场，对“满清时代辱国之举措与排外之心理，务一洗而去之；与我友邦益增睦谊，持和平主义，将使中国见重于国际社会，且将使世界渐趋于大同”，最后，徐绍桢代表海陆军人致颂词，大总统答词，众人三呼“中华万岁”，礼毕，奏乐而散。“中华民国”南京临时政府宣告正式成立。显然，强调临时政府是“革命时代之政府”，而将“颠覆满洲专制政府，巩固中华民国”，将 “尽扫专制之流毒，确定共和”，虽未直接用“北伐”之词，但其将以“革命统一”来对付“南北议和”之格局，则是策略所在。
今日之南京总统府即原清国两江总督之衙署
如何推进“北伐”，“革命统一”？
第一，组织有效巩固的政府。
1月2日，各省代表再修改临时政府组织大纲，再次明确取消内阁制，实行总统制，进而强化孙中山作为临时大总统的权力。1月3日，各省代表选举黎元洪为临时副总统。孙总统任命黄兴为陆军总长，蒋作宾为次长，黄钟瑛为海军总长，汤芗铭为次长，伍廷芳为司法总长，吕志伊为次长，陈锦涛为财政总长，王鸿猷为次长，王宠惠为外交总长，魏宸组为次长，程德全为内务总长，居正为次长，蔡元培为教育总长，景耀月为次长，张謇为实业总长，马和（君武）为次长，汤寿潜为交通总长，于伯循（右任）为次长，并任命胡汉民为总统府秘书长，宋教仁为法制局长，汤化龙为副局长（各总长于昨日经各省代表会同意，初拟以宋教仁长内务，章炳麟长教育，为部分代表所反对。武汉方面以鄂人未获任总长，颇为不满，但次长多为鄂人。又各总长实际在南京任事者，仅黄兴、王宠惠、蔡元培三人）。1月3日，以对付袁策划的“国民会议”。孙总统电各省派参议员组织参议院。1月28 日，临时参议院成立，翌日林森、陈陶遗当选正副议长。
1月9日，临时政府陆军部成立。1月17日，南京临时政府财政部内务部成立。1月21日，民国临时政府开一次阁议。
第二，筹集饷械，统一指挥。
1月8日，临时政府购自日本的军火步枪一万二千枝，子弹二千万发，机关鎗六挺，山炮六门运抵南京。同日，临时政府发行中华民国军需公债一万万元。孙总统电令广东都督陈炯明出师北伐。1月7日，黎元洪组织北伐军，以战时总司令吴兆麟，右翼军总司令李烈钧，左翼军总司令赵恒惕分任第一、第二、第三军总司令官。1月9日，孙总统委黄兴为总参谋，钮永建为副参谋。 1月10日，孙亲任北伐军总司令，五路北伐，“以鄂湘为第一军，由汉京铁道前进；宁皖为第二军，向河南前进，与第一军会合于开封、郑州之间；淮扬为第三军，烟台为第四军，向山东前进，会于济南；秦皇岛合关外之军为第五军，山陕为第六军，向北京前进”[13]。1月12日，孙总统委蓝天蔚节制北伐沪军及海军。1月13日，中国同盟会总部设立于南京。1月28日，孙总统令广西都督陆荣廷出师北伐。
第三，整顿军纪，强化治安。
孙中山令设南京卫戍总督，直隶于临时大总统，任命徐绍桢为卫戍司令，1月15日颁布《南京卫戍条例》，规定卫戍总督的任务：“任卫戍上之警备，并监视卫戍地内陆军之秩序风纪及保护陆军诸建筑物”。联合各司令，发布告示，颁行军纪。2月4日，陆军部颁行维持地方治安临时军律十二条，规定任意掳掠、强奸妇女、焚杀良民、擅封民屋财产、硬搬良民箱笼及银钱者枪毙；勒索强买、私斗伤人者抵罪；私入民宅、行窃、赌博、纵酒行凶者罚。
孙中山当选临时大总统刺激了袁世凯北方集团，孙中山的北伐之势也一下震动了南北议和格局。袁世凯对孙当选当天（12月29日）致袁表示，“虽暂时承之，而虚位以待”的电文，一直未作答复，1月2日，袁世凯复电表态，“君主、共和问题现方付之国民公决，所决如何，无从预揣，临时政府之说，未敢与闻”！同一天，清将领姜桂题、冯国璋、张勋、张怀芝、曹锟、王占元、陈光远、李纯、王怀庆、张作霖等十五人电内阁，誓死反对共和，请饬各亲贵大臣将在外国银行所存款项提回，接济军用。袁世凯准唐绍仪辞代表职，并电伍廷芳，否认伍唐所订条件，嗣后应商事件直接电商。1月5日，袁世凯又电请伍廷芳亲来北京。南北和议遂告中断。
接着，袁世凯的策略逐渐明确，一方面，策划其主导的所谓“国民会议”进行选举，以国民会议解决国体，从而否认南方临时政府的建立；一方面，授意各将领通电表示赞成共和，推举袁世凯为总统。1月7日， 清第一军总参赞官靳云鹏自汉口到北京，谋联合各军，要求共和。推袁为大总统。靳云鹏又劝冯国璋赞成共和。
如此，议和中断后的南北双方实际开始处于对立，双方约定的停战期限也即将到期。1月10日，湖南都督谭延闿电孙总统及黄兴、伍廷芳、陈其美，即与袁世凯最后交涉，如停战期满，尚未将君主民主问题解决，即令各路开战。1月11日，黎元洪下令北伐。
