既而，由刚由第1营管带升任统带的伍崇仁率第33标攻汉西门、制造局、雨花台一带。每人仅有实弹3颗，曾欲向子弹稍多的辎重营商借，又因口径不同而无法使用。到达花神庙时，天色已晚，即开始进攻。清军弹下如雨，全标以肉搏而前进，在雨花台冲锋3次均未得手；太平门、朝阳门（今中山门）、汉西门等处战事亦无进展。总指挥沈同午遂下令集中兵力攻雨花台，猛攻数小时后仍无功而返，伤亡数百人。11月9日晨，第9镇残余人马在大雾之中往芜湖、镇江退却，秩序混乱；徐绍桢亦无法管束而只身逃往上海，镇江军政府推举柏文蔚为临时统制，收编第9镇溃军。在起义期间与起义后，张勋、张人骏将100余名参与此事的官兵斩首，又杀死平民400余人。
柏文蔚像
柏文蔚（1876—1947），字烈武，安徽寿州人。1905年入江苏新军，旋任第三十三标二营管带。同盟会员。1906年因参与谋刺两江总督端方事泄而离职。1907年投吉林新军吴禄贞部，曾任屯田营管带、奉天督练公所参谋处二等参谋等职。辛亥武昌起义爆发后，南下任民军第一军军长，参与江浙联军会攻南京。1912年任安徽都督兼民政长。1913年参加讨袁，宣布安徽独立，失败后经上海流亡日本。病逝上海，时七十二岁。
秣陵关起义使得南京原本不多的革命力量大为损失，但同时亦使此地新旧势力之间的“暗斗”转化为“明争”，局势进一步公开化；从而为江浙联军与南京清军的大规模血战铺开了舞台。
三．江浙联军会攻南京
秣陵关起义后，据守南京的清军与革命党人之间的斗争已经公开化，双方基本已无通过调和而实现和平光复的可能。革命党人亦认为只有攻克南京，才能挽回武昌方面的不利局势，并奠定东南大局。而徐绍桢逃至上海后，也与民军总机关和相关团体接洽，欲借此重回南京。同盟会中部总会亦为此召开紧急会议，决定由江浙已光复之各地组成联军，会同攻打南京；并当即致电江浙已光复地区派出部队前来，共同应对南京之清军。徐绍桢亦于11月11日乘沪宁线火车赴镇江，在江边之大观楼旅馆与各方代表举行会议，并决定以金鸡岭下之洋务局作为联军总司令部。复推举徐绍桢为江浙联军总司令，推举陶骏保为参谋长（后因上海方面推荐顾忠琛而以顾、陶二人并任为参谋长），孙毓筠为军事参议，于右任、范光启等为顾问。而先后聚集于镇江组成联军的各地武装主要有四支：1.镇军。由林述庆、柏文蔚统带，共有两协。第1协为前卫部队，驻扎于高资、下蜀一带；第2协为总预备队，分驻于镇江城内外，总计约3000人。2.苏军。由苏州刘之洁统带，共有步兵4营，炮、马各1队。步兵2营驻句容，1营驻白兔，1营驻丹阳与常州之间，炮兵与马队俱驻于句容，总计约3000人。3.浙军。由朱瑞统带，共有步兵1标（缺2队），2营马队，2队炮兵，工程与辎重各1队。驻扎于高资，总计约3000人。4.淞军。由黎天才统带，共步兵约600名，驻扎于镇江金山河。除此之外，还有周德厚率领的特别敢死团，周李光率领的约300名杭州兵，王任之率领的约600名台州兵，以及洪承典带领的沪军义勇队约1000人，女子国民军30人。加之从第9镇溃退之镇江的士兵，总计约为15000人，而南京城内此时的清军约为2万人。
11月15日下午3时，联军总司令部全体人员由洋务局出发，至金鸡岭车站乘一混编一、二、三等车厢之列车，护卫士兵乘三等车一辆转赴高资。镇江军政府工作人员及当地绅商及海关、车站内的外籍工作人员皆来欢送，并预祝民军得胜。下午4时，车抵高资，以高资巡检署为总司令部。11月16日，徐绍桢召集镇、苏、浙、淞等各军将领召开军事会议，商讨进攻计划。徐绍桢于会议上出示常州方面送来之南京地图，在与会将领中传阅，同时又叙述南京及其附近之地理形势，认为最大障碍乃是星罗棋布之炮台。具体说来，北部有乌龙与幕府两山，南部有雨花台，紫金山与天堡城又扼守于中部，均是兵家必争的险要之地。随后令众将领各自选择进攻地点。结果为浙军攻中部，由麒麟门进占紫金山；苏军攻南部，进占雨花台；淞军攻北路，进占乌龙与幕府两山；镇军攻天堡城。19日，徐绍桢建议迅速攻打南京，镇军统带林述庆以准备不足为由，与柏文蔚通电各处，称暂不出兵，且语言激烈，颇有另选联军总司令之意，联军内部关系顿时趋于紧张。由于任联军参谋长之一的陶骏保为林述庆之师并曾任镇军参谋长，同时其又为徐绍桢之旧部，遂于其中说和调停。而陶逊、范鸿仙、柏文蔚、马相伯亦在其中奔走。而徐绍桢见联军将领不听号令，便极力要求辞去总司令之职，并推举程德全接任。同盟会中部总会致电徐绍桢，望其以国是为重，勿生去意。程德全也以无军事常识为理由，拒绝上任，徐绍桢方打消去意。
11月20日，又在洋务局总司令部召开第二次会议，徐绍桢于会上称南京久不攻克，外国势力已生干涉之意图，应立即商议从速进攻之法，并议定陆、海军进兵方略。具体布置为：陆军方面，总司令部移驻高资，起督师之作用；在镇江设立转运兵站，负责将上海发来之军械送往前线；并调陆路各军集中于龙潭、句容之间，待后勤准备完毕后，即予进攻。淞军前往攻占沿江一带已进行过策反工作之乌龙山、幕府山等炮台，浙军出中路，由东阳镇攻麒麟门，镇军与之同进；苏军出南路，由汤水镇前进，佯攻以制敌。海军方面，随同陆军前往进兵各处；在占领浦口及乌龙山时，负责运送陆军登岸；并以军舰游弋于高资一带，进行掩护。
在此大战一触即发之时，双方又展开间谍作战。联军执法部抓获清军间谍多人，均以军法从事，不胜其烦，以致错抓2名由柏文蔚派往南京刺探情报之联军间谍。由于此2名间谍揣有起掩护身份作用的清军护照及符号，遂被执法部人员判为枪毙并执行。此一误杀事件在联军中引起轩然大波，以致“一时众心颇愤激” 。徐绍桢闻讯，下令将执法部全体人员共20余名悉行撤职查办，并责令部长吴忠信将执法部大改组。
11月22日，司令部发布行军纪律；11月23日，根据张謇建议，程德全到达高资前线视师，发表誓师词，并抵达前沿劳军。他还与徐绍桢商议军情。截至11月24日，苏、浙、镇军已进抵东流市、白市场及淳化镇等处。在此前后，更为详细的进兵计划也予制定。预备分2期展开攻克南京之作战。第1期，驱逐城外清军。各军集中于龙潭、汤水镇、土桥镇之间，主力集中于东阳镇附近。具体部署：苏军由句容进攻土桥镇，而其所属之寻访队则自句容进兵汤水镇。镇军、浙军、淞军自高资、下蜀分头向东阳镇附近挺进。第2期，各军进抵淳化镇、东流市、乌龙山、幕府山一带实施直接攻击。主力进驻麒麟门，占领马群高地，另派遣支队分别前往仙鹤门与上方门之间实施攻击。具体部署：苏军进抵淳化镇附近，其所属之巡防队与浙军、镇军合兵一处至东流市附近。淞军进抵至乌龙山、幕府山一带。
在此双方剑拔弩张的关键时刻，联军司令部又从高资迁往龙潭，以便指挥人员能够到达战争前沿，及时掌握第一手讯息。11月24日下午4时，徐绍桢率司令部全体人员从高资出发，于傍晚抵达龙潭，以龙潭镇西侧一药铺作司令部。并且根据南京城外围炮台众多的特点，进一步制订了关于夺取城外各主要炮台的作战计划。决定由淞军于24日夜占领乌龙山，浙军于25日午前开拔，经东流市向麒麟门，并在麒麟门扎营。苏军之左纵队于25日上午6时开拔，经白石场向麒麟门一带；淞军则须于25日拂晓迅速占领幕府山。双方的全面性交火即将开始。
在联军开始对南京外围各据点进行攻击之时，得到同盟会会员成鲲的帮助。成鲲曾经打入幕府山炮台任台官，与炮台中士兵感情较融洽。成经人引见而赴司令部密陈袭击炮台之计划。徐绍桢闻听计划，派徐朔为成鲲之助手，由成鲲密招炮台内兵士若干人，约见于炮台附近的万全楼旅社。成鲲携徐朔赴会，对兵丁晓以光复之道理。兵丁闻之而愿为民军效力。徐绍桢闻报后颇为兴奋，便调黎天才所部约600人，辅以浙军，于11月24日与成鲲、徐朔乘海军兵舰赴乌龙山。离舰登岸后直奔山顶，炮台兵丁见状遂开门欢迎，并插起白旗。夜取乌龙山炮台之行动遂获成功。
11月25日，黎天才又乘胜率队分兵夺占幕府山炮台。缴获清军大炮14门，500名清兵投降，江防营参将张玉山率13营水师投诚。战斗结束后，黎天才致电上海方面之陈其美、李燮和，称需要大批饷银以安抚投诚清兵，另需子弹5万发以供日后作战。李燮和遂派周德厚、王得超、王任之所部4营及女子卫生队、侦察队等赴前线支援，并加拨大炮尊及数百箱子弹至幕府山。又令杨承溥、刘召棠、邵序彬、冯象鼎、臧式毅等参谋官携银1万5千两及牛、酒等物至幕府山劳师。徐绍桢亦赏银5千两，联军士气大振。徐绍桢又任命成鲲为炮台司令，徐朔为参谋，留黎天才所部镇守乌龙、幕府两山。联军原本欲将大炮架于两山山顶，向城内轰击。但是两山炮台内的炮闩一半被张勋事先取走，另一半被置于“楚豫”号兵舰上；因此联军无法使用炮台上之大炮。于是一面向“楚豫”号接洽以取回炮闩，一面又派人潜赴下关的东、西两炮台，将其炮闩取下，携回两山炮台安放。下关两炮台亦事先为成鲲所策反，故去者得以顺利携得炮闩而归。后黎天才又将上海方面送来之2尊大炮安于两山炮台之上，联军终得向城内的两江总督署、江宁将军署等处实施轰击，大挫清军之士气。
而同在25日，浙军经东流市向麒麟门挺进，并且在马群与张勋所部展开遭遇战。当日，浙军于午前7时攻击马群高地，清军张勋部蜂拥而至。张勋部以胡令宣统率之徐州防营为第1线、王有宏统率之新军防营为第2线、赵会鹏统率之江宁防营为第3线、而张勋则率江防营为第4线，从而展开层次性阵势。中午12时，战斗开始。浙军游击队先占马群高地，炮队则予以猛烈轰击，步兵2营则分成左、右翼进行推进。当双方距离仅余数百米时，浙军步兵突大步逼近张勋部。朱瑞亲自指挥士兵力战，相持数小时后，张勋部退却，大多藏于附近民房中。浙军则分头实施追击与搜索。在此战中，浙军击毙张勋所部统领王有宏，毙其士兵千余人，俘虏数百人；并进占孝陵卫一带之高地。而为了鼓励军心，徐绍桢主张亲临前线，决定将总司令部于25日上午8时从龙潭继续向前方迁移。因马匹不足，有的将领只能徒步前进。中午12时抵汤水镇暂歇，午饭后继续前进，于傍晚抵达麒麟门，并在一农家小屋中设立司令部，有关人员皆于地上铺草而眠。
