同盟会江苏分会与孙中山和东京总部也保持着密切联系。“丙午、丁未间，孙总理常来往日本南洋，舟过沪江时，每由在法租借公董局服务之法国友人向同志传达音讯，于是剑公、葆康、陶怡、亚子诸人，恒至吴淞舟中相见，兼请示进行方法。又东京出版之《民报》、《复报》、《洞庭波》、《鹃声》、《汉帜》各刊物，亦以健行公学为总汇，陈陶遗每携至福州路奇芳茶楼品茗集书，与徐敬吾所设之书肆成犄角，围观者如堵墙”。
在同盟会江苏分会的领导下，除了上海的革命之势，大有恢复当初“爱国学社”时期的高涨景象之外，整个江苏的革命活动也一时活跃起来。从同盟会江苏分会、中部同盟会直到辛亥武昌起义前，据不完全统计，同盟会江苏会员至少达近万人。
在南京，1905年冬，赵声由黄兴介绍加入了中国同盟会。1906年春，安徽同盟会支部盟主吴旸谷奉孙中山之命，至南京与赵声联系。赵声介绍陶俊保、柏文蔚、冷遹、李竟成、伍崇仁、孙麟、韩金声、林述庆、何遂、杨韵珂、倪映典等第九镇新军官佐及陆师学堂等校革命青年加入同盟会。据林述庆回忆:“赵君声(伯先)、柏君文蔚(烈武)、林君之夏(凉生)、伍君崇仁(寿卿)联合军队将校数十人，设革命机关于江宁，使卢镜寰与孙逸仙先生互通消息。” “公推赵声为长江盟主，另设机关于鼓楼之东，选定玄武湖神庙为会议地点。由吴君呈报中山先生批准，特派员贵印信及委任状到宁，并颁发会章，公布革命纲领为‘驱逐靴虏，恢复中华，建立民国，平均地权’。” 自此以后，赵声的革命生涯进入了受孙中山同盟会领导、广结同志运动新军的新时期。 由于第九镇实行征兵制，士兵大都具有一定文化素养和爱国思想，在赵声等人引导下，“学生、兵士闻风加入者千人以上，构成以后革命之良好基础。” 南通革命志士沙淦（字宝深）曾于1905年在东京成城警监学校留学时加入中国同盟会，回国后至南京策动新军起义，两江总督端方侦悉此事，严令捕决沙淦。“侦骑四出，几不得脱”，幸得赵声“阴为设法，予以一舟，使与渔夫相混，始免于厄。” 在同盟会组织下，第九镇广大官兵革命思想“莫不深入脑际，其精神每每流露于不知不觉之间，因此颇为满清官僚及驻防旗兵所嫉视，目为革命党。” 赵声、倪映典、熊成基、柏文蔚等人因故相继离开了第九镇，但他们已为革命事业打下了深厚的基础。
玄武湖湖神庙遗址
当然，从当时形势与革命发展来看，蔡元培、秋瑾、于右任、马君武等一批旅沪外省革命者也一起发挥了极大影响。
蔡元培作为上海分会会长，以其极大地影响力，以个别谈话方式发展了一批同盟会员。其中1905年-1906年经他介绍入会而有文字可查的，有黄炎培、李衡、倪时渡、王麟、陈嘉祐、邓恢宇、梁嵍、陈家鼎、谢寅杰、唐友厦、林桢干、张天宋、唐公哲、王邦吉等十余人。 黄炎培曾忆述说：“民国成立前七年乙巳秋，吾师忽召至其寓庐，郑重而言曰：‘我国前途至危，君知之矣。诸强邻虎视于外，清廷鱼烂于内，欲救亡舍革命无他道。君谓然否？’则敬答谫：‘然’。曰：‘欲革命，须有组织，否则力不集，事不成。今有会焉，君亦愿加盟乎？’则答曰：‘苟师有命焉，何敢不从。’期以某日深夜宣誓，中有句：‘建立民国，平均地权，驱除鞑虏，光复中华。’吾师既指‘平均地权’句说明其理由，小子卒在吾师之前宣誓加盟焉。” 黄炎培入会后，“同盟会人廖仲恺过沪，先生负责为安置住处。孙中山过沪，托法捕房巡官麦克兰秘密招往会晤，因不知卖之用意，未克应约”。在蔡元培出国留学后，“继蔡任同盟会干事”。
于右任作为拟设的中国同盟会东部支部长，是下辖江苏分会和上海分会的领导人，虽然东部支部一直未能建立，但其组织创办的《竞业旬报》和《神州日报》等报刊，依托“中国公学”及其回国留学生群体，极大地推动了这一时期的革命的宣传，1907年，他创办《神州日报》，一度成为联系“东南八省”的革命机关报，大力宣传民族民主革命，号召“扫除数千年专制政体，建设一完全新共和国”。1909年以后，他相继创办《民呼报》、《民吁报》、《民立报》，发表了大量揭露清廷腐朽、抨击“预备立宪”的文章。随着革命形势的发展以及革命派理论水平的提高，宣传重点也发生了转移。最初，他们只注重于“反满”“排满”，但后来转向民主启蒙宣传。
于右任像
“同盟会成立后一二年，寓沪同志发刊报纸者有数种：一为丙午年秋瑾女士所主办之《女报》，此报出世甚短，故功用不广，二为竟业旬报，出版于丙午年夏秋间，馆址高在铁马路爱而近路庆祥里，主持者为傅钝根、谢诮庄、丁慧仙、胡适等数人。时香港中国日报尝委托况业旬报以通电报告新闻事务。适是岁十月萍乡醴陵革命军起，谣传已攻破长沙省城。傅钝根、谢诮庄等信以为实，竟电中国日报谓革命党军克复长沙。中国日报遂特发号外，宣扬革命军胜利。后乃知不实，大为保皇报所指摘，诚趣闻也。三为神州日报，出版于丁未年二月二十日，主持者为于右任、杨守仁、汪允中、叶仲裕、金怀秋诸人。是报鉴于往日苏报及国民日日报之覆辙，对于时政之批评，惯用旁敲侧击之文字，故不易为清吏所挑剔。刊行未及一载，以邻居失火，不幸殃及，全馆悉付一炬。杨守仁缘电杆而下得免。事后于右任以无力恢复辞退，仍由杨守仁、叶德裕、汪允中诸人设法重整旗鼓。逾年杨守仁渡英轮留学，叶德裕以病自沈于江。旧日发起人留者，仅汪允中、王 生数人耳。是报支持至民国后数年，易主多次，论调亦变化无常。其文章最精彩者，为关于辛亥年三月黄花岗一役之发难纪事及诸烈士传记，与后起之民立报，可称一时瑜亮”。
1906年底，湖南萍浏醴起义失败和光复会绍兴安庆起义的失败，上海、江苏包括浙皖等省的革命形势又处于低潮。曾在“夏寓”住过的革命党人杨卓林等人被捕。杨英勇不屈，坚不吐实。但其同伴李根发供出“夏寓”为同盟会江苏分会秘密机关部，朱少屏、高旭为机关部主持人。两江总督端方指名捉拿朱少屏，查禁《复报》，查封健行公学。徐锡麟刺杀恩铭案发后，两江总督端方照会租界当局:“革命党人多匿迹租界，嗣后有剿捕事宜，不得干涉”。 风声越来越紧，革命党人相继外出避难，高旭被迫解散健行公学，取消鼎吉里机关，上海同盟会的革命活动暂时受挫。尽管如此，江苏其他地区的同盟会活动却没有停止。
“及明年，丁未夏，徐锡麟、秋瑾事起，清吏照会沪租界当局大索党人，人心为之讻讻，诸同志多他适避之。健行公学始解散，鼎吉里四号机关亦取消，自是丁未至庚戊（1910年）之三四年间，同盟会在上海之党务几完全停顿，长江沿岸各省之革命工作亦无所进展。其后陈其美出而重张旗鼓，始自空言而渐进于实行，而党务为之振焉”。 “及丁未五月，锡麟在安庆事败，瑾于六月为清吏擒杀，光复会自是一蹶不振”。
江苏同盟会会长高旭，因两江总督端方的严拏压制，独门家居，一隐竟三年！柳亚子后来回忆道：“1907年，健行公学解散，天梅郁郁家居，百无聊赖，有《海上神交社集，以事不得往，陈佩忍书来索诗，且约再游吴门，邮此代简》一诗，刻入他的《未济庐诗》内。
原诗如下：弹筝把剑又今时，几复风流赖总持。自笑摧残遽如许，只看萧瑟欲何之。青山似梦生秋鬓，红豆相思付酒巵。怕听夜乌啼不了，沼吴陈迹泪丝丝。
