其次，新学化课程并不占据主导地位。
新学化书院设置的新学课程一般仅作为选修课程，供士子选择一二学习。广大士子研习最多，最为重视的仍是四书五经经史词章。一来科举未废，即使精通西学之人，仍必须以帖括求仕进，否则无法取得正途出身。一旦步入仕途，仍循旧例授以编修检讨或州官知县等职，所用非所学的矛盾使士人学习西学的热情遭到扼杀。二来部分地方官吏虽提倡西学，却是希望以此来挽救大清帝国，并未真正放下天朝大国的架子，西学精髓难以进入书院课程。即以最普通的数学而论，用阿拉伯数字研习无疑优于中国古法的算筹。黄体芳督学江苏时曾发生这样一件事：“有某生者，廪生也，试算学，用数目处，悉以亚拉伯字书之，黄阅之大怒，即悬牌曰：某生以外国字入试卷，用夷变夏，心术殊不可问。着即停止其廪饩。某遂以发狂死”。[ 徐珂《清稗类钞》第二册，中华书局1986年7月版第619页。] 应考时运用阿拉伯数字，就惨遭厄运，学习西学之人难免望而生畏不敢越雷池一步。
第三，书院的办学形式不能适应形势需要。
国家民族危机日益严重，急需大量新式人才担负起富国强兵的重任。而依据书院规章，只有士人才能经甄别而入院学习。士农工商中只有士有受教育的权利，一般平民被排除在受教育范围之外。这样就把国民教育变成了缙绅教育，培养的仍是单纯的统治人才，而不是国家发展所急需的农工商各业专门人才。此外，书院学额有限，即使士人有机会入院学习者亦属少数。如南菁书院从1884年正式创建到1898年改为高等学堂，录取生额总数不超过800人。这在某种程度上限制了新学化书院在士人中的影响。再者，士人只须通过一年一次的甄别即可住院学习，并无定期毕业的制度。不少生员长期住院，或多次入院，削减了更多生员入院学习的可能性。例如如皋的吴汀鹭即任南菁斋长长达十年之久。在这种情形之下，一部分人久不离院，实以住院为谋生之途径。如“赵圣传六十余，肄业南菁书院，书卷字出格外，目眵齿衰，仰课卷以求活”。[ 盛朗西《中国书院制度》民国丛书第三编（45），第202页。]
青山遮不住，毕竟东流去。古老的书院制度在经历了近千年的风风雨雨，沧桑变幻之后，终于在清末宣告终结。新学化书院一度给古老的书院制度带来了生机，又终因种种不足与局限，无法使书院制度转变为适应社会发展需要的新式教育，留给我们的不仅有无限的叹惋，更有绵长的思索。“沉舟侧畔千帆过，病树前头万木春。”在古老的教育制度日趋衰亡的同时，一种崭新的教育制度悄悄萌发着生长着。中国近代新式教育始于1861年的京师同文馆，此后陆续建立了一批新式学堂。但那时开办学校，“只是想急速的养成国家所需的人才，以应付当时外患日亟的严重局面。因为需要翻译条约及办理洋务的人才，于是设同文馆、广方言馆；因为需要交通建筑的人才，于是设船政学堂、电报学堂；因为需要海陆军人才，于是设水师学堂、武备学堂”。[ 周予同《中国现代教育史》民国丛书第一编49，第75页。] 因此早期的新式学堂只有横的，并立的、专门的各式学校，而没有纵的、关联的、普通的学校系统。直到清末兴学，改书院为学堂，才逐步建立起新式教育体系。因此旧的制度虽逐步消亡，对新制度的影响却远远没有消亡。
（二）从书院到学堂
1、改革三步曲
（1）戊戌前后──书院兼办学堂
甲午战败以后，书院改章的呼声日趋高涨，江苏地处中西文化交汇之前沿，得风气之先，一些书院开始率先开办学堂，其中既有地方官吏的积极倡导，又有开明士人的大力推行。
1897年，高邮知州章邦直创建珠湖致用书院，内设学堂，教授英文、算学。学校前段用考棚形式为书院，月课士子，后段楼房及诸斋则专设学堂。原试制艺律赋的金陵文正书院，在1898年间由山长张謇会商江宁太尊刘坤一，转详督宪鉴核在案，创办文正书院西学堂，招收举贡生监在堂学习汉文、英文、翻译、算学。吴江金松岑早怀“办学以培养人才，著述以唤起民心之志”，[ 钱太初《金松岑先生三五事》，苏州文史资料十六第84页。] 1896年就同川学院立讲社，曰自治学社，又创设理化传习所，1900年自治学社改为同川两等小学。常熟丁芝孙、徐念慈等人，1898年筹款在学爱精庐设立蒙养学堂，后来改称中西学堂。
戊戌变法中，光绪帝谕内阁：“即将各省府厅州县现有之大小书院，一律改为兼习中学、西学之学堂”。[《德宗景皇帝实录》卷420。] 不久，两江总督刘坤一即奏请除将储材学堂改为江南学堂，推广学额，多聘教习外，还将钟山、尊经、文正、凤池、奎光等书院改为府县各学堂。江阴南菁书院则照省书院例改办高等学堂，并试办农科。州县书院亦有改办者，如赣榆怀仁书院，即由知县徐树锷改办学堂。
这一阶段所办学堂，数量有限，且除自治学社和蒙养学堂稍具新意外，大多与书院无大差别。首先，教学和管理方法袭书院之旧。金陵文正书院西学堂所收资格仍以举贡生监为准，甄别以定班次，并备有日记册功过簿。南菁高等学堂仍专重日记，课程亦许学生自行选择，既无一定教授时间，亦无一定教授范围，每月开课两次，优者给予奖金。高邮致用学堂与书院本属一体，并延请珠湖书院山长住学堂以备顾问。其次，课程单一，未能跳出中学为体西学为用的老框框。金陵文正书院西学堂，开设西文、英文、翻译、算学，并在章程中明确规定“中学为立身始基”，[《张季子九录》三教育录卷一民国丛书第三编96第3页。] 要求从学者不得扬西抑中，弃本逐末。高邮致用学堂依年龄将学生分为大学生、小学生，大学生专习算学，小学生专习英文。上课之余则大小学生同习国文。南菁高等学堂课程稍多，设政科、艺科两种，但“政科分经学、掌故等门，为必修课，专重日记”，“艺科分算学、理化、测量、东文四门，为随意科，习否听便”。[ 朱有瓛《中国近代学制史料》第一辑下册华东师范大学出版社1986年6月版，第421页。]
变法失败后，各地议而未改之学堂因之停顿，或仅有其名，仅有少数学堂勉强得以保存。高邮致用学堂到1900年废止，自治学社1900年改为同川两等小学，蒙养学堂后来改称中西学堂。
（2）新政之初──书院学堂并行
辛丑条约签订以后，清政府统治摇摇欲坠，不得不改弦更张推行新政，兴学成为其重要内容。1901年9月14日，清政府下兴学诏，“着各省所有书院，于省城均设大学堂，各府厅直隶州均改设中学堂，各州县均改设小学堂，并多设蒙养学堂”。[《光绪朝东华录》卷169。] 与此同时，科举考试废八股改试策论。此后至废科举前，一面是各地书院陆续改办学堂，并逐步建立起省城高校府中学县小学的教育体系；一面是各地多保留一二书院，改名校士馆继续存在，年甄别月考课与前无异。
从各地进展来看，苏南及苏中各府较快，从府城到州县均迅速实现了由书院到学堂的转变。“金陵大小书院节经两江总督刘岘帅饬，属以其中改为学堂”其中“南京惜阳、凤池两书院为小学堂，钟山文正两书院为中学堂”。[《申报》《制军造土》1902年1月4日。] “扬州梅花、安定书院常款提出一半充学堂经费”，[《申报》《书院改章》1902年3月18日。] 开办仪董中学堂、储材小学堂，书院改名校士馆仍存。苏州正谊书院改为苏州府中学堂，平江书院改为长元吴三县小学堂，留紫阳书院为校士馆。镇江南 学舍改为府中学堂，以宝晋书院为校士馆课士如故。江阴南菁书院改为高等学堂，留礼延书院为校士馆。苏北徐州府、淮安府及海州直隶州则较为缓慢，至废科举前只有少数书院改为学堂。徐州府云龙书院改为府中学堂，丰县乐育书院改为丰县高等小学堂，东徐书院改为邳县高等小学堂，峄阳书院改为初等小学堂。淮安府奎文书院改为高等小学堂，丽正书院改为府中学堂，盱眙敬一书院改为一学堂。各州县改办详情如下：
书院名称 改办学堂时间及名称
钟山 1902 江南高等学堂
文正 1902 江宁府学堂
惜阴 1902 江宁县学堂
尊经 1905 师范传习所
高平 溧水县高等小学堂
六峰 1902 六合县小学堂
学山 1904 高淳县学堂
珠江 1903 江浦县高等小学堂
安定 1902 仪董、笃材学堂
广陵 1908 两淮师范学堂
乐仪 1905 乐仪高等小学堂
胡公 1902 泰州学堂
凤山 1903 凤山两等小学堂
文正 1907 兴化高等小学堂
昭阳 1903 昭阳学校
诚意 1908 诚意学堂
正心 1908 正心初等小学堂
明性 1908 初等小学堂
珠湖 1897 高邮致用学堂
画川 1903 宝应高等小学堂
鹂黄 1908 鹂黄初等小学堂
崇化 1901 蒙养学堂
襟江 1902 泰兴县立高等小学堂
马洲 1904 靖江县高等小学堂
崇实 1908 清江县高等小学堂迁入
袁江 1906 清江县高等小学堂
临川 1907 私立渔沟两等小学堂
怀文 1904 沭阳县高等小学堂
钟吾 1903 钟吾高等小学堂
淮滨 1905后 青选学堂
丽正 1904 淮安府中学堂
奎文 1902 山阳县高等小学堂
敬一 1902 敬一学堂
尚志 1901 盐城县立女子小学校
观海 1903 阜宁县高等小学堂
筑川 1903 高等小学堂
乐育 1903 丰县高等小学堂
云龙 1903 徐州府中学堂
登瀛 1907 崇实小学堂
歌风 1906 沛县立师范传习所
东徐 1903 邳州高等小学堂
峄阳 1903 邳州初等小学堂
石室 1906 海州中学堂
精勤 1906 精勤小学
敦善 1907 北鹾中学
怀仁 1898 赣榆官立高等小学堂
选青 1898 官立高等小学堂
东渐 兴学后 初等小学校
安定 1903 安定学堂
虞山 清末 思文小学
正修 1902 小学堂
娄东 1904 太仓高等小学堂
紫阳 1904 江苏师范学堂
正谊 1903 苏州府中学堂
学古堂 1905 游学预备科
平江 1902 长元吴三县小学堂
甫里 1905 甫里公学
游文 1902 常昭小学堂
桂村 1902 蒙养学堂
梅李 1904 梅李蒙养学堂
同川 1896 自治学社
玉山 1904 昆山县小学堂
金沙 1902 金坛县立高等小学堂
东林 1902 东林学堂
南菁 1898 南菁高等学堂
礼延 1903 兼办高等小学堂
西郊 1906 小学堂
梁丰 1905 小学堂
锦带 1904 小学堂
阳羡 1906 经正学堂
鹅山 1906 鹅山高等小学堂
滆南 1906 滆南高等小学堂
竺西 1903 竺西高等小学堂
东坡 1906 东林高等小学堂
临津 1907 临津高等小学堂
南 1903 镇江府中学堂
培风 1904 丹徒县高等小学堂
鸣凤 1901 丹阳县高等小学堂
宝晋 1906 公立求已学堂
华阳 1903 句容县高等小学堂
平陵 1902 溧阳县立高等小学堂
龙城 武阳公学
由于校士馆的存在，学堂的发展受到很大干扰。校士馆也曾试图改订旧章，如“尊经书院略变旧制，废除八股试贴，月分三课。上旬课中外史事政治学，中旬课格致、天算等学、下旬课四书五经义各一篇”。[《申报》《制军造土》1902年1月4日.] 扬州梅花、安定两校士馆也由运司饬令“一律改试经义策论”。[《申报》《书院改章》1901年10月26日。] 但在实际运行中仍多课八股试帖，与旧日书院无异。由于科举制未最终废止，校士馆在士子中仍有很大影响。扬州梅花安定校士馆在十多年不行送院礼后重行此典礼，“恩运司及两山长皆至院，而士子衣冠诣院者约二、三百人，闻高等学堂学生亦有与共列者”。[《校士馆之仪式》《警钟日报》1904年5月4日.] 而镇江宝晋校士馆的甄别试，“命题扃试，到者多至数百人”。[《申报》1904年1月20日。] 直到1905年科举制即将废止之前，仍有大批生童视校士馆为衣食之所，试图阻止校士馆改办学堂。当时两江总督周馥拟改南京尊经、凤池两校士馆为师范传习所，生童屡次具禀乞留不得，饮恨已久，遂于招考当日“运动腐败士类作决裂之预备”，当日聚集生童数千人，“数十童首先鼓噪，于是一倡百和。有人曰：‘周某欲绝我辈生路，是千余众之公敌也。.......今日誓诛此破坏校士馆之奸贼。有不与表同情者先合群力以扑杀之’”。[《纪宁垣罢考师范详情》《申报》1905年3月26日。] 周馥无奈落荒而逃。
